株式等振替制度とは、株式などについての権利の帰属の推定や、その移転、行使などについて、株主などとしての地位を表章する有価証券（株券など）をもとに行うのではなく、「社債、株式等の振替に関する法律」に基づき、機構及び口座管理機関（証券会社や銀行など）が備える振替口座簿（電子帳簿）上に開設される株主などの口座における電子的な記録をもとに行う点に特徴のある制度です。