発生しません。
基準日の設定は、総株主通知（株主確定処理）を伴いますが、発行者が会社法第124条に基づき設定した基準日（定款に定める基準日、臨時株主総会に係る基準日、株式分割の基準日等）に係る総株主通知については、総株主通知等手数料の対象外です。
なお、株主名簿管理人は、総株主通知の内容に基づき、株主名簿の更新を行います。株主名簿管理人の作業に係る手数料については、株主名簿管理人にお問い合わせください。